柱填料的物理性能對填料色譜行為有重要影響，填料主要的物理性能包括如下：顆粒度，孔徑，孔體積，鍵合相化學，含碳量及烷基化處理。

　?。?）顆粒度是指柱填料的顆粒直徑的大小，實際上色譜柱上所標的粒徑是一個平均值，如粒徑“5μm”并不是柱中填料所有的顆粒直徑都是5μm，實際上有一個顆粒分布度，這種分布度對柱反壓及柱效有重要作用，一般來說，平均顆粒度越小，顆粒分布度越小，色譜柱效越高，反壓亦越高，目前C18柱色譜柱填料粒徑在4～10μm之間。

　?。?）孔徑是指填料顆粒間的孔間隙，一般所說的孔徑是指填料的平均孔徑，球形填料裝柱后平均孔徑分布比較窄，柱床結構均勻，柱效高，重現(xiàn)性好，無定形填料平均孔徑分布較寬，柱床結構不均勻，流動相線性速度不均勻，譜帶擴寬，平均孔徑的大小對分離大分子化合物有較大的影響，在分離含有較大分子的樣品時可能會有分子排阻效應，或產生吸附效應從而影響定量的回收率及準確度，色譜柱因而在用反相色譜分離諸如蛋白或多肽樣品時應考慮選用大孔徑(如30nm)的反相柱填料，孔體積作為硅膠多孔性的參數(shù)，在分離分析較大分子化合物時可作參考，選用較大孔體積的反相柱填料。

　?。?）化學鍵合相填料在高效液相色譜法中占有極重要的地位，它可以鍵合極性較大的有機基團，采用極性較小的溶劑作流動相，亦可鍵合極性較小的有機基團，選用極性較大的溶劑作流動相。

　　一種可能是由于流動相pH值超出建議范圍而導致色譜柱塌陷，這也可能是由于色譜柱樣品溶解在強酸或堿性溶液中引起的。

　　此外，還有一些色譜柱用于特定的項目，例如氨基柱與醛和酮會發(fā)生反應，在無緩沖的水溶液中的氨基柱會產生強堿性，導致部分硅膠溶解。

　　如果使用了錯誤的溶劑，色譜柱也會塌陷，原因是色譜柱從根本上說是非常松散的結構，它們通過顆粒彼此的粘附而部分地保持在一起，當將其置于能夠破壞這種粘附力的流動相中時，塌陷的可能性就會增加，這偶爾會發(fā)生在中等極性溶劑中的氰基柱或THF中的苯基柱。

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